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注册环保工程师执业资格考试分为基础考试和专业考试：
基础考试内容包括：高等数学、普通物理、普通化学、理论力学、材料力学、流体力学、计算机应用技术、电工电子技术、工程经济、工程流体力学与流体机械、环境工程微生物学、环境监测与分析、环境评价与环境规划、污染防治技术及职业法规共15个科目，其中前九个科目为公共基础部分(上午)，共计120题;后六个科目为专业基础部分(下午)，共计60题。
专业考试内容包括：环境法规与标准、水污染防治工程技术、污水处理与再生利用工程实践、大气污染防治工程技术、大气污染防治工程实践、固体废物处理处置工程技术、固体废物处理处置工程实践、物理污染控制工程技术、物理污染控制工程实践共9个科目。